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組蛋白磷酸化

在1970年代,研究人員開始在各種生物樣本中檢測到磷酸化的組蛋白。使用放射性標記技術(shù)的實驗揭示了組蛋白,尤其是組蛋白H1,可以被磷酸化。在1980年代,研究開始暗示組蛋白磷酸化與染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能之間存在聯(lián)系。在了解組蛋白磷酸化的角色方面,一個重大突破出現(xiàn)在1990年代,當時的研究人員發(fā)現(xiàn)了它在細胞周期調(diào)控中的作用。到了21世紀,對組蛋白磷酸化的研究顯著擴展。

1. 什么是組蛋白磷酸化?

組蛋白磷酸化的概念首次在1967年被提出 [1]。組蛋白磷酸化酶將磷酸基團沉積到組蛋白上的絲氨酸(S)、蘇氨酸(T)或酪氨酸(Y)殘基上。大多數(shù)磷酸化發(fā)生在H3S10和H3S28上,以及H3T3、H3T6和H3T11上。組蛋白磷酸化可以根據(jù)特定背景和磷酸化位點的位置對基因表達產(chǎn)生不同影響。

2. 參與組蛋白磷酸化的三個基本組成部分

每個四個核心組蛋白都容易被不同的蛋白激酶磷酸化,而磷酸化過程可以被磷酸酶逆轉(zhuǎn),這個過程被稱為去磷酸化。識別和結(jié)合磷酸化組蛋白,以及將信號轉(zhuǎn)化為不同生物輸出的最終過程是由磷酸化組蛋白讀取器完成的。

2.1 蛋白激酶

蛋白激酶,是將磷酸基團添加到組蛋白上的酶。

表1. 組蛋白磷酸化位點、已知激酶和功能 [2,16]

組蛋白 磷酸化位點 生物體 激酶 生物學功能
H2A S1 哺乳動物 MSK 有絲分裂,抑制轉(zhuǎn)錄
T119 哺乳動物 NHK-1, AURKB 有絲分裂期間染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的調(diào)節(jié)
S121 裂殖酵母 Bub1 通過在姐妹著絲粒處招募舒格神蛋白來維持染色體穩(wěn)態(tài)
S129 酵母 Mec1, Tel1 DNA雙鏈斷裂修復
S139 (H2AX) 哺乳動物 ATR, ATM, DNA-PKcs, RSK2, MSK1 DNA修復,減少EGF介導的細胞轉(zhuǎn)化,凋亡
Y142 (H2AX) 哺乳動物 WSTF 細胞存活和凋亡之間的決定
H2B S10 酵母 Ste20 凋亡
S14 各種脊椎動物 MstI 凋亡
S32 哺乳動物 PKC EGF信號傳導
S33 果蠅 CTK-TAF1 轉(zhuǎn)錄調(diào)控
S36 哺乳動物 AMPK 直接的轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)調(diào)控途徑,引導細胞對應(yīng)激的響應(yīng)
H3 T3 哺乳動物 Haspin 有絲分裂
T6 哺乳動物 PKCβ 雄激素依賴性H3T6磷酸化阻止LSD1介導的H3K4去甲基化,維持激素依賴性基因的活化
S10 酵母, 哺乳動物 Snf1, IpL1 (酵母), AURKB (哺乳動物), MSK1, MSK2, IKKα, PKB/Akt, Rsk2, PIM1 轉(zhuǎn)錄,染色質(zhì)濃縮,UVB應(yīng)答
T11 哺乳動物 Chk1, PRK1, Dlk/Zip kinase 減數(shù)分裂,轉(zhuǎn)錄,DNA損傷應(yīng)答
S28 哺乳動物 AURKB, ERK1/ERK2, p38 減數(shù)分裂
MLTK-α, JNK1/2, MSK1 有絲分裂,轉(zhuǎn)錄
Y41 哺乳動物 JAK2 轉(zhuǎn)錄
T45 哺乳動物, 芽殖酵母 PK-Cδ, Cdc7-Dbf4 凋亡,在DNA損傷時,當DNA被剪裂時的作用,DNA復制
H4 S1 酵母, 哺乳動物 CKII DNA修復,轉(zhuǎn)錄
Sps1 減數(shù)分裂和染色質(zhì)裝配,轉(zhuǎn)錄
S47 酵母, 哺乳動物 PAK2 (H3.3-H4)沉積
H18/75 哺乳動物 - 通過破壞組蛋白八聚體來促進DNA復制的進行
H1 S/T CDK2 有絲分裂,轉(zhuǎn)錄

2.2 擦除酶

組蛋白磷酸酸酶,也被稱為擦除酶,從磷酸化組蛋白上去除磷酸基團。在哺乳動物中有八種不同的Ser/Thr特異性蛋白磷酸酶(PPs),包括PP1、PP2A、PP2B、PP2C、PP4、PP5、PP6和PP7 [3]。在這些酶中,PP1、PP2A和PP4都被確認為組蛋白磷酸酸酶。

組蛋白磷酸激酶 識別去磷酸化 生物體
PP1 H1 [4] 細胞周期依賴性
PP1 homologue H3S10 [5] 酵母和蠕蟲,在有絲分裂期間
PP2A H3S10ph [6] 果蠅
γ-H2AX [7] 哺乳動物和酵母
PP4 γ-H2AX [8] 哺乳動物和酵母

2.3 讀取蛋白

組蛋白磷酸化的讀取蛋白是識別并結(jié)合磷酸化組蛋白的磷酸化組蛋白結(jié)合蛋白,從而將信號解釋為不同的生物學輸出。這些蛋白攜帶磷酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域,例如14-3-3和BRCT結(jié)構(gòu)域。

磷酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域 讀取 結(jié)合位點 功能
BRCT domain MDC1 H2A.X-S139 對DNA損傷做出反應(yīng) [9]
BIR domai survivin H3T3ph 在有絲分裂期間將染色體旅行復合體招募到著絲粒 [10-12]
14-3-3 14-3-3ε,14-3-3ζ H3S10ph and H3S28ph 與轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)

3. 組蛋白磷酸化機制

了解組蛋白磷酸化需要掌握其潛在機制:

3.1 激酶激活

組蛋白磷酸化始于激酶的激活。這些激酶可以在細胞應(yīng)激、生長因子和DNA損傷等各種信號作用下被激活。

3.2 磷酸添加

一旦激活,激酶會靶向組蛋白蛋白質(zhì)上特定的氨基酸,主要是絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸殘基。磷酸基團被添加到這些氨基酸上,改變了組蛋白的電荷和結(jié)構(gòu)。

3.3 功能結(jié)果

組蛋白磷酸化通過多種機制影響染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和基因表達。它可以創(chuàng)造其他蛋白質(zhì)結(jié)合位點,或者直接改變組蛋白和DNA之間的相互作用。這些變化最終決定了附近基因是被激活還是被沉默。

4. 組蛋白磷酸化的功能

由激酶和磷酸酶協(xié)調(diào)的組蛋白磷酸化和去磷酸化被認識為調(diào)控各種涉及染色質(zhì)的過程的關(guān)鍵機制,包括轉(zhuǎn)錄、DNA復制、DNA損傷修復、染色體分離和凋亡反應(yīng)。

例如,H2A.X S139 和 H4S1 與 DNA 損傷應(yīng)答相關(guān)。H3S10、H3S28、H2BS32、H3T6、H3T11、H3Y41、H2BS36、H2BY37、H4S1 和 H4S47 與轉(zhuǎn)錄相關(guān)。H3S10 和 H3S28 出現(xiàn)在有絲分裂中。H4S1 和 H2BS10 見于減數(shù)分裂。H2BS10、H2AXS139 和 H3T45 參與了凋亡。

組蛋白磷酸化還在細胞周期調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。在G1期,組蛋白磷酸化促進細胞生長和DNA復制。在S期,組蛋白磷酸化有助于維持復制叉的穩(wěn)定性。在G2和M期,組蛋白磷酸化對染色體分離和有絲分裂過程至關(guān)重要。

對于變異型組蛋白H2A(X)在絲氨酸139位置的磷酸化,即γH2A(X),是DNA損傷應(yīng)答(DDR)中的關(guān)鍵事件。這種修飾在細胞周期的各個階段以及對各種DDR途徑的應(yīng)答中發(fā)生,包括非同源末端連接(NHEJ)、同源重組(HR)和與復制有關(guān)的DNA修復。

哺乳動物細胞中組蛋白H2AX磷酸化位點和發(fā)生在S139的重要事件

圖1. 哺乳動物細胞中組蛋白H2AX磷酸化位點和發(fā)生在S139的重要事件 [16]

5. 組蛋白磷酸化與其他組蛋白修飾的相互作用

組蛋白磷酸化,類似于其他組蛋白修飾,不是獨立發(fā)揮作用的,而是與其他翻譯后修飾,包括甲基化和乙?;M行復雜的相互作用。

H3S10磷酸化在物理上和功能上與幾乎相鄰的K14殘基的乙?;嘟Y(jié)合,而H3K14的乙?;鰪娏薍3S10ph與14-3-3之間的相互作用。Zippo等人發(fā)現(xiàn),H3S10ph能與14-3-3蛋白相互作用,并促使組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶MOF的招募,MOF乙?;疕3K16。這些連續(xù)事件招募了Brd4和P-TEFb,最終促進了局部轉(zhuǎn)錄 [13]。

H3S28ph與H3K27ac一起有助于啟動轉(zhuǎn)錄。它通過將染色質(zhì)中的Polycomb抑制復合物排斥,啟動附近H3K27殘基的去甲基化和隨后的乙?;?,最終導致轉(zhuǎn)錄的激活。

PKCβI介導的H3T6的磷酸化抑制了LSD1和JARID1B對H3K4的去甲基化,而PRK1介導的H3T11的磷酸化促進了JMJD2C對H3K9的去甲基化 [14, 15]

一項研究表明,H3T11磷酸化增加了它在Gcn5依賴的基因啟動子上與KAT Gcn5的相互作用,如細胞周期調(diào)節(jié)因子cyclin B和cdk1,最終導致H3K9和K14的乙?;鰪姡瑥亩苿恿宿D(zhuǎn)錄的激活。

H4乙酰轉(zhuǎn)移酶MOF通過與14-3-3的相互作用被招募到H3S10的磷酸化區(qū)域,從而在即時早期(IE)基因的激活期間實現(xiàn)H3S10ph和H4K16ac之間的相互作用 [13]。

6. 組蛋白磷酸化與疾病

組蛋白磷酸化與許多疾病的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān),包括腫瘤、心血管疾病和神經(jīng)系統(tǒng)疾病。在腫瘤中,異常的組蛋白磷酸化導致基因表達失調(diào),促使異常細胞增殖和轉(zhuǎn)移。多種癌癥類型中都有多個組蛋白蛋白的異常磷酸化,以及負責調(diào)控組蛋白磷酸化的基因突變。在心血管疾病中,組蛋白磷酸化的不平衡可以導致心肌細胞凋亡和心肌梗死。在神經(jīng)系統(tǒng)疾病中,組蛋白磷酸化的失調(diào)可能導致神經(jīng)元死亡和認知下降。

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